மதுரை மீனாட்சி அம்மன் கோயில் பல்வேறு சிறப்பம்சங்களோடு, வரலாறுகளையும் பின்னனியாக கொண்டுள்ளது.

அந்த வகையில் கோயிலில் உடைந்த நிலையில் இருக்கும் சிவலிங்கத்திற்கு பின் இருக்கும் வியக்க வைக்கும் பின்னனி என்ன என்பதைப் பார்ப்போம் தமிழகத்தில் மிக பிரபலமான கோயில்களில் ஒன்று தான் மீனாட்சி அம்மன் திருக்கோயில். பொற்றாமரை குளம், ஆயிரங்கால் மண்டபம், புது மண்டபம், மிக பெரிய கோயில் அமைப்பு, மரகத மீனாட்சி, கால் மாறி ஆடிய நடராஜர், முத்தமிழ் பறைசாற்றும் கோயில் என பல்வேறு சிறப்பம்சங்களை தன்னகத்தே கொண்டது.

அந்த வகையில் பலரும் அறியாத, கண்டுகொள்ளாத ஒரு உடைந்த சிவலிங்க சிலை அங்கிருக்கின்றது. அந்த சிவலிங்கத்தின் கதையை கேட்டால் மீனாட்சி அம்மன் கோயிலின் வரலாறு மெய்சிலிர்க்க வைக்கும்.

கிபி 1330ஆம் வருடம் முகமதியர்கள் தமிழகத்தில் புகுந்து கொள்ளையடிக்க தொடங்கிய போது, மதுரையை "வாளால் விழித்துறங்கும் பராக்கிரம பாண்டியன்” என்ற மன்னன் ஆண்டு வந்தார். முகமதியர்கள் தமிழகத்தில் புகுந்ததும், இம்மன்னர் மதுரையை வீட்டு காளையார் கோயிலுக்குச் சென்றுவிட்டார்.

அருள்மிகு மீனாட்சி சுந்தரேசுவரர் திருக்கோயில் ஸ்தானிகர்கள் முகமதியர் படையெடுப்பில் இருந்து, திருக்கோயிலில் உள்ள சிவலிங்கத்தையும் மீனாட்சி அம்மன் திருவுருவத்தையும் காப்பாற்றுவதற்காக சுவாமி கோயில் கருவறையில் உள்ள சிவலிங்கம் திருமேனி மூடி அதன் மேல் ஒரு கிளிக்கூடு அமைத்து, அதன் மேல் மணலை பரப்பி கருவறை வாயிலையும் கல்லினால் சுவரெடுத்து அடைத்தனர்.

கருவறைக்கு முன்புள்ள அர்த்தமண்டபத்தில் வேறொரு சிவலிங்கத்தை ஸ்தானிகர்கள் வைத்து விட்டனர். பின்னர் முகமதியர் படையெடுப்பின் போது முகமதியர் படைவீரர்கள் அர்த்தமண்டபத்தின் முன்பு இருந்த சிவலிங்கத்தைச் சோமசுந்தரர் திருவுருவச்சிலை என்று எண்ணி அதை கடப்பாறையால் தாக்கி சிதைக்க முற்பட்டனர். அந்த சிவலிங்கம் தான் மீனாட்சி அம்மன் கோயிலில் காட்சிக்கு வைக்கப்பட்டுள்ளது.

முகமதியர்களின் தாக்குதலால் 48 ஆண்டுகள் கருவறை அடைக்கப்பட்டு பூஜை இல்லாமல் இருந்தது. பிறகு கம்பண்ணர் படை எடுத்து முகமதியர்களை வென்று கோயில் ஸ்தானிகர்களுடன் வந்து இந்த சிவலிங்கத்தை அகற்றி வைத்து விட்டு கருவறையின் மேலிருந்த மணல்குன்றை எடுத்துவிட்டு கருவறையைத் திறந்து பார்த்தபோது சொக்கலிங்கப் பெருமானின் திருமேனியில் 48 ஆண்டுகளுக்கு முன்னர் பூசிய சந்தனம் நறுமணத்துடன் காட்சி தரவும், திருமேனியின் பக்கங்கலில் இரண்டு வெள்ளி விளக்குகள் சுடர்விட்டு எரிந்து கொண்டிருப்பதையும் கண்டார்.

அன்றிலிருந்து தினசரி பூஜைகள் முறையாகத் தொடங்கி நடந்து வருகின்றன. இந்த குறிப்புகள் திருக்கோயில் சீதள புத்தகத்தில் இவ்விவரம் குறிக்கப்பட்டுள்ளது.